Es la máxima autoridad de la Asociación y está  integrada por los rectores de las instituciones asociadas o por sus delegados. La Asamblea se reúne cada dos años. Actualmente la Asamblea está constituida de la forma siguiente:  Listado de Rectores

Es el órgano encargado de la ejecución de las políticas aprobadas por la Asamblea, y está integrado por un presidente, tres vicepresidentes y un secretario ejecutivo, quien es designado por el presidente, en acuerdo con los vicepresidentes.  

Presidente: José Morales Orozco, SJ.,

Universidad Iberoamericana de Ciudad de México (jose.morales@uia.mx)

Vicepresidentes:

 Región Andina: Joaquín Sánchez, SJ.,

                          Rector Pontificia Universidad Javeriana, Colombia (joaco@javeriana.edu.co)

Brasil: Pedro Rubens, SJ.,

                          Rector Universidad Católica de Pernambuco, Brasil (prubens@unicap.br)

Cono Sur: Luis Rafael Velasco, SJ.,  

                         Rector Universidad Católica de Córdoba, Argentina (rector@uccor.edu.ar)

Secretaria Ejecutiva:

                         Dra. Susana Di Trolio (sditroli@ucab.edu.ve)